Christian Werner trat mit 18 Jahren der Schweizerischen Volkspartei bei. Mit 20 Jahren wurde er 2005 in den Oltner Gemeinderat gewählt. 2009 schaffte er im Alter von 24 Jahren den Sprung in den Solothurner Kantonsrat, wo er sich in der Justizkommission engagiert.

Im Gemeinderat ist er SVP-Fraktionschef sowie Mitglied der Geschäftsprüfungs- und der Integrationskommission.

Werner setzt sich im Vorstand der SVP Olten ein, wo er als Pressechef amtet. Zudem ist er Mitglied der Parteileitung der SVP Kanton Solothurn.